此类案件的难点在于，如果将所有土地权属存在异议的土地侵权案件归为土地权属争议案件，则此类案件均需行政机关先行处理，那么所有土地侵权案件均可以转化为土地权属争议案件，不利于保护物权。但是，反过来讲，如果将此类案件均定性为侵权案件，则架空了土地管理法第十六条，行政机关在土地权属争议案件的先行处理权形同虚设。因此，解决的方案只能是一种折中方案：既要顾及物权保护的侧面，又要保护行政机关在土地权属纠纷案件中的先行处理权。
1、保护物权：审查争议是否存在
审理侵权损害赔偿案件的第一步是确认权属关系。土地侵权类案件的特殊性就在于，土地权属纠纷必须由行政机关先行处理，人民法院对于土地权属没有直接审查权。因此，被告方一般以此为依据要求驳回原告起诉。有时候，此种抗辩事由仅仅是抗辩方的一种口头主张，没有任何事实依据。在此种情况下，如果人民法院采纳异议人的抗辩观点，则势必会导致所有的土地侵权案件都转化为土地确权案件，均需行政机关先行处理。这样的操作方式，增加了物权保护的难度和成本，势必削弱法律对物权的保护。
2、保护行政机关先行处理权：中止审理或驳回起诉
经人民法院审查，土地权属争议确实存在，人民法院是否可以以土地权属存在争议而直接驳回起诉呢？
笔者认为，也不应直接驳回起诉。因为，原告提起的是给付支付，并非确认之诉，只是该给付之诉以确认之诉确认的事实为前提。此种情形完全符合民事诉讼法第一百五十一条第一款第五项的规定“本案必须以另一案的审理结果为依据，而另一案尚未审结的”，应当中止审理。但在一般情况下，权利人提起侵权之诉时，其土地权属争议尚未由行政机关先行处理，意即本案所依赖的另案并不存在。此时，法官依然没有必要直接驳回起诉，而应当行使释明权，告知当事人本案审查的前提是一个土地权属纠纷，双方应当协商，协商不成的，应由行政机关先行处理。人民法院释明后，如果当事人选择由行政机关先行处理土地权属纠纷，则人民法院中止审理；如果当事人依然要求人民法院进行审理，人民法院可以驳回起诉。
上述处理的效果是，一方面，人民法院没有实质审理土地权属纠纷，保护了行政机关在土地权属争议案件的先行处理权；另一方面，严格区分了确认之诉与给付之诉，保护了当事人的诉权，避免一案多次起诉，保证了司法效率。
综上所述，长沙律师结合我国司法实践的经验，对于存在土地权属争议的土地侵权案件，应当分情况进行处理：首先，必须审查土地权属争议是否存在。对于当事人虽然对土地所有权和使用权提出异议，但发生在土地登记发证后或异议人不能举证证明土地权属纠纷确实存在的，应当认为不存在土地权属争议，人民法院应依法进行审理。其次，对于经审查后土地权属争议确实存在的，人民法院不宜对土地权属进行实质性审查，但也不宜直接驳回起诉，而应告知当事人对土地权属争议进行协商，协商不成的应由人民政府依法处理。在人民政府依法处理过程中，人民法院应当中止审理；对于告知后，当事人依然不申请行政机关先行处理的，人民法院应当驳回起诉。